Difrakční metody strukturní biologie

Garant předmětu:

Přednášející:

Cvičící:

Předmět zajišťuje:

katedra inženýrství pevných látek

Anotace:

Určování prostorové struktury biologických látek (proteinů, DNA, RNA, komplexů) pomocí fyzikálních metod určuje v současnosti trendy v oblasti biotechnologií, biomedicíny i v základním biologickém výzkumu. Budou představeny jednotlivé metody určení 3D struktury a podrobně vyloženy postupy monokrystalové difrakční analýzy. Na praktických příkladech bude vysvětlena přímá aplikace do oblasti biotechnologií a medicíny. Cvičení pokryjí několik základních kroků vedoucích ke stanovení nové struktury.

Požadavky:

Osnova přednášek:

1. Úvod do fyzikálních metod strukturní biologie. 2. Struktura a vlastnosti proteinů a nukleových kyselin. 3. Krystalizační metody. 4. Monokrystalová difrakce biologických látek. 5. Řešení fázového problému u biologických struktur. 6. Upřesňování, validace molekulárních struktur a jejich biologický význam. 7. Databáze makromolekulárních struktur a jejich analýza

Osnova cvičení:

1. Práce s proteinovým vzorkem. 2. Krystalizace proteinů. 3. Difrakční experiment -monokrystalová difrakce. 4. Zpracování difrakčních dat. 5. Upřesňování struktury proteinu pomocí 3D grafiky. 6. Analýza struktury bakteriálního nebo virového proteinu.

Cíle studia:

Znalosti

Pro absolvování jsou nutné základní matematické a fyzikální znalosti, výhodou znalost základů krystalografie.

Dovednosti

Po ukončení předmětu: metody studia prostorové struktury biologických molekul, praktické dovednosti v proteinové krystalografii, schopnost aplikovat metodu při vývoji léčiv anebo biotechnologií.

Studijní materiály:

Povinná: Marek, Jaromír - Trávníček, Z. Monokrystalová rentgenová strukturní analýza. Doporučená: D. Blow: Protein crystallography for biologists; A. Liljas et al. Textbook of structural biology

Poznámka:

Další informace:

Pro tento předmět se rozvrh nepřipravuje

Předmět je součástí následujících studijních plánů:

• Inženýrství pevných látek (volitelný předmět)