Difrakční metody strukturní biologie
Kód | Zakončení | Kredity | Rozsah | Jazyk výuky |
---|---|---|---|---|
11DMSB | Z,ZK | 3 | 2+1 | česky |
- Garant předmětu:
- Přednášející:
- Cvičící:
- Předmět zajišťuje:
- katedra inženýrství pevných látek
- Anotace:
-
Určování prostorové struktury biologických látek (proteinů, DNA, RNA, komplexů) pomocí fyzikálních metod určuje v současnosti trendy v oblasti biotechnologií, biomedicíny i v základním biologickém výzkumu. Budou představeny jednotlivé metody určení 3D struktury a podrobně vyloženy postupy monokrystalové difrakční analýzy. Na praktických příkladech bude vysvětlena přímá aplikace do oblasti biotechnologií a medicíny. Cvičení pokryjí několik základních kroků vedoucích ke stanovení nové struktury.
- Požadavky:
- Osnova přednášek:
-
1. Úvod do fyzikálních metod strukturní biologie.
2. Struktura a vlastnosti proteinů a nukleových kyselin.
3. Krystalizační metody.
4. Monokrystalová difrakce biologických látek.
5. Řešení fázového problému u biologických struktur.
6. Upřesňování, validace molekulárních struktur a jejich biologický význam.
7. Databáze makromolekulárních struktur a jejich analýza.
- Osnova cvičení:
-
1. Popis vzorku proteinu.
2. Krystalizace proteinu.
3. Pokus s difrakcí krystalem.
4. Zpracování difrakčních dat.
5. Sestavení modelu a zjemnění pomocí 3D grafiky.
6. Analýza struktury proteinu baktérií a virů.
- Cíle studia:
-
Znalosti:
Rozšíření základních znalostí krystalografie na případ studia proteinů.
Schopnosti:
Po ukončení předmětu: metody studia prostorové struktury biologických molekul, praktické dovednosti v proteinové krystalografii, schopnost aplikovat metodu při vývoji léčiv anebo biotechnologií.
- Studijní materiály:
-
Povinná literatura:
[1]. Marek, J. - Trávníček, Z. Monokrystalová rentgenová strukturní analýza. Univerzita Palackého, Olomouc, 2002
Doporučená literatura:
[2]. D. Blow: Protein crystallography for biologists; A. Liljas et al. Textbook of structural biology. World Scientific, Singapore, 2002
Studijní pomůcky:
krystalografický software (poskytnut), Internetový přístup k databázím, zaákladní vybavení proteinové krystalografie (poskytnuto).
- Poznámka:
- Další informace:
- Pro tento předmět se rozvrh nepřipravuje
- Předmět je součástí následujících studijních plánů: