Logo ČVUT
ČESKÉ VYSOKÉ UČENÍ TECHNICKÉ V PRAZE
STUDIJNÍ PLÁNY
2023/2024

Bioinformatika

Přihlášení do KOSu pro zápis předmětu Zobrazit rozvrh
Kód Zakončení Kredity Rozsah Jazyk výuky
BAM36BIN Z,ZK 6 2P+2C česky
Vztahy:
Předmět BAM36BIN nesmí být zapsán, je-li v témže semestru zapsán anebo již dříve absolvován předmět BEAM36BIN (vztah je symetrický)
Předmět BAM36BIN nesmí být zapsán, je-li v témže semestru zapsán anebo již dříve absolvován předmět B4M36BIN (vztah je symetrický)
Předmět BAM36BIN nesmí být zapsán, je-li v témže semestru zapsán anebo již dříve absolvován předmět BE4M36BIN (vztah je symetrický)
Předmět BAM36BIN může být splněn v zastoupení předmětem BEAM36BIN
Předmět BAM36BIN nesmí být zapsán, je-li v témže semestru zapsán anebo již dříve absolvován předmět BEAM36BIN (vztah je symetrický)
Předmět BAM36BIN nesmí být zapsán, je-li v témže semestru zapsán anebo již dříve absolvován předmět BE4M36BIN (vztah je symetrický)
Předmět BAM36BIN nesmí být zapsán, je-li v témže semestru zapsán anebo již dříve absolvován předmět B4M36BIN (vztah je symetrický)
Garant předmětu:
Jiří Kléma
Přednášející:
Jiří Kléma
Cvičící:
Jáchym Barvínek, Jiří Kléma, Petr Ryšavý
Předmět zajišťuje:
katedra počítačů
Anotace:

The goal of the course is to explain the principles used in algorithms for processing molecular data. The course contains algorithms for sequence assembly, sequence alignment, sequence probabilistic and grammatical modelling, algorithms used for finding connections between primary and secondary/tertial structure of proteins and their functions and interactions, algorithms for analysis of data from highly parallel measurements (especially gene expression), and algorithms for modelling processes as metabolism and regulation of gene expression.

Požadavky:
Osnova přednášek:

1. Intro, sample bioinformatics tasks.

2. Sequencing algorithms, fragment assembly.

3. Sequence alignment.

4. Multiple sequence alignment.

5. Phylogenetic trees, distance methods.

6. Phylogenetic trees, parsimony and probabilistic methods.

7. Markov chains in computational biology.

8. Hidden Markov models of genomic sequences, gene finidng, profile HMMs.

9. Gene expression profiling.

10. RNA secondary structure prediction.

11. Modeling of higher protein structures, protein databases.

12. Gene ontology, gene/protein function prediction.

13. Network inference and modeling.

14. Spare lecture.

Osnova cvičení:

1. Intro, sample bioinformatics tasks.

2. Sequencing algorithms, fragment assembly.

3. Sequence alignment.

4. Multiple sequence alignment.

5. Phylogenetic trees, distance methods.

6. Phylogenetic trees, parsimony and probabilistic methods.

7. Markov chains in computational biology.

8. Hidden Markov models of genomic sequences, gene finidng, profile HMMs.

9. Gene expression profiling.

10. RNA secondary structure prediction.

11. Modeling of higher protein structures, protein databases.

12. Gene ontology, gene/protein function prediction.

13. Network inference and modeling.

14. Spare lab.

Cíle studia:
Studijní materiály:

1. Durbin et al.: Biological Sequence Analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press, 1998.

2. Jones, Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms, The MIT Press, 2004.

3. Lesk, A.M.: Introduction to Bioinformatics. Oxford University Press, 4th Edition, 2014.

Poznámka:

B4M36BIN mapuje na stejný předmět jako kód A6M33BIN.

Další informace:
https://cw.fel.cvut.cz/wiki/courses/bin/start
Rozvrh na zimní semestr 2023/2024:
Rozvrh není připraven
Rozvrh na letní semestr 2023/2024:
06:00–08:0008:00–10:0010:00–12:0012:00–14:0014:00–16:0016:00–18:0018:00–20:0020:00–22:0022:00–24:00
Po
místnost KN:E-126
Kléma J.
11:00–12:30
(přednášková par. 1)
Karlovo nám.
Trnkova posluchárna K5
místnost KN:E-328
Ryšavý P.
Kléma J.

12:45–14:15
(přednášková par. 1
paralelka 101)

Karlovo nám.
Bourací učebna
Út
St
Čt

Předmět je součástí následujících studijních plánů:
Platnost dat k 14. 7. 2024
Aktualizace výše uvedených informací naleznete na adrese https://bilakniha.cvut.cz/cs/predmet5467806.html