Logo ČVUT
ČESKÉ VYSOKÉ UČENÍ TECHNICKÉ V PRAZE
STUDIJNÍ PLÁNY
2019/2020

Metody analýzy a vizualizace lékařských dat

Přihlášení do KOSu pro zápis předmětu Zobrazit rozvrh
Kód Zakončení Kredity Rozsah Jazyk výuky
XP33MMD Z,ZK 4 2P+2C
Přednášející:
Jan Kybic (gar.)
Cvičící:
Jan Kybic (gar.)
Předmět zajišťuje:
katedra kybernetiky
Anotace:

Předmět se zabývá pokročilými metodami zpracování a analýzy obrazu, včetně počítačové grafiky a vizualizace, se zaměřením na obrazy z lékařských a biologických modalit, od mikroskopie, přes ultrazvuk, až po MRI a CT, včetně časových sekvencí. Předmět má dvě části. V první se studenti seznámí s vybranými metodami formou přednášek nebo formou řízeného samostudia, konzultací a řízené diskuse (tzv. „reading group“). Forma bude zvolena dle počtu studentů. Probrané algoritmy si studenti prakticky vyzkouší. Některé vybrané metody sami naprogramují, v ostatních případech se naučí používat existující volně dostupné knihovny a toolboxy. V druhé části předmětu vypracují studenti samostatně projekt, ve kterém po dohodě s vyučujícím aplikují zvolenou metodu. Projekt budou studenti pravidelně konzultovat s vyučujícími.

Probírané metody budou přizpůsobeny odborným zájmům studentů.

Požadavky:
Osnova přednášek:

Probírané metody budou přizpůsobeny odborným zájmům studentů. Příklady možných probíraných metod:

1. Předzpracování obrazů: Nelineární filtrace založená na PDE, vlnková transformace (wavelets) pro popis textury a odstranění šumu. Komprimované snímání (compressed sensing).

2. Segmentace: metoda aktivních kontur a povrchů, křivky úrovně (level sets), použití ve 3D a rychlé algoritmy, segmentace v příznakovém prostoru, segmentace s modely tvaru a vzhledu, popis a analýza tvaru, segmentace jako hledání cesty (random walker) a segmentace pomocí diskrétní optimalizace. Hluboké učení.

3. Registrace: Nelineární registrace a klíčové body. Registrace jako maximalizace podobnosti obrazů. Kritéria podobnosti. Multimodální registrace, hierarchické metody. Regularizace a difeomorfické metody. +Registrace sekvencí. Optický tok. Registrace jako diskrétní optimalizace. Detekce a klasifikace jako problém strojového učení, vícestupňové metody.

4. Rekonstrukce: Tomografická rekonstrukce pro obecné geometrie, iterativní a statistické metody. Rekonstrukce pro MRI modality.

5. Vizualizace 3D objemových i povrchových dat (problematika osvětlování vizualizovaných objemů, problematika zobrazování rozsáhlých dat)

6. Vizualizace a animace (aproximativní metody v animaci, animace v obrazovém prostoru)

7.Lidský faktor ve vizualizaci (vyhodnocování vizualizačních technik, percepce a kognice, nefotorealistické zobrazování ve vizualizaci)

Osnova cvičení:
Cíle studia:
Studijní materiály:
Poznámka:
Rozvrh na zimní semestr 2019/2020:
Rozvrh není připraven
Rozvrh na letní semestr 2019/2020:
Rozvrh není připraven
Předmět je součástí následujících studijních plánů:
Platnost dat k 24. 2. 2020
Aktualizace výše uvedených informací naleznete na adrese http://bilakniha.cvut.cz/cs/predmet6020006.html