Logo ČVUT
ČESKÉ VYSOKÉ UČENÍ TECHNICKÉ V PRAZE
STUDIJNÍ PLÁNY
2019/2020

Difrakční metody strukturní biologie

Přihlášení do KOSu pro zápis předmětu Zobrazit rozvrh
Kód Zakončení Kredity Rozsah Jazyk výuky
11DMSB Z,ZK 3 2+1 česky
Přednášející:
Jan Dohnálek (gar.)
Cvičící:
Jan Dohnálek (gar.)
Předmět zajišťuje:
katedra inženýrství pevných látek
Anotace:

Určování prostorové struktury biologických látek (proteinů, DNA, RNA, komplexů) pomocí fyzikálních metod určuje v současnosti trendy v oblasti biotechnologií, biomedicíny i v základním biologickém výzkumu. Budou představeny jednotlivé metody určení 3D struktury a podrobně vyloženy postupy monokrystalové difrakční analýzy. Na praktických příkladech bude vysvětlena přímá aplikace do oblasti biotechnologií a medicíny. Cvičení pokryjí několik základních kroků vedoucích ke stanovení nové struktury.

Požadavky:
Osnova přednášek:

1. Úvod do fyzikálních metod strukturní biologie.

2. Struktura a vlastnosti proteinů a nukleových kyselin.

3. Krystalizační metody.

4. Monokrystalová difrakce biologických látek.

5. Řešení fázového problému u biologických struktur.

6. Upřesňování, validace molekulárních struktur a jejich biologický význam.

7. Databáze makromolekulárních struktur a jejich analýza.

Osnova cvičení:

1. Popis vzorku proteinu.

2. Krystalizace proteinu.

3. Pokus s difrakcí krystalem.

4. Zpracování difrakčních dat.

5. Sestavení modelu a zjemnění pomocí 3D grafiky.

6. Analýza struktury proteinu baktérií a virů.

Cíle studia:

Znalosti:

Rozšíření základních znalostí krystalografie na případ studia proteinů.

Schopnosti:

Po ukončení předmětu: metody studia prostorové struktury biologických molekul, praktické dovednosti v proteinové krystalografii, schopnost aplikovat metodu při vývoji léčiv anebo biotechnologií.

Studijní materiály:

Povinná literatura:

[1]. Marek, J. - Trávníček, Z. Monokrystalová rentgenová strukturní analýza. Univerzita Palackého, Olomouc, 2002

Doporučená literatura:

[2]. D. Blow: Protein crystallography for biologists; A. Liljas et al. Textbook of structural biology. World Scientific, Singapore, 2002

Studijní pomůcky:

krystalografický software (poskytnut), Internetový přístup k databázím, zaákladní vybavení proteinové krystalografie (poskytnuto).

Poznámka:
Rozvrh na zimní semestr 2019/2020:
Rozvrh není připraven
Rozvrh na letní semestr 2019/2020:
Rozvrh není připraven
Předmět je součástí následujících studijních plánů:
Platnost dat k 10. 12. 2019
Aktualizace výše uvedených informací naleznete na adrese http://bilakniha.cvut.cz/cs/predmet24707105.html