Tvorba biomedicínských aplikací

Garant předmětu:

Přednášející:

Cvičící:

Předmět zajišťuje:

katedra biomedicínské informatiky

Anotace:

Předmět se zabývá konkrétními implementacemi biomedicínských aplikací, jejich standardy, knihovnami a doporučenými postupy pro jejich tvorbu. V předmětu se popíšou specifika informačních systémů pro zdravotnictví, implementace komunikace zdravotnického software pomocí standardů a tvorba aplikací pro podporu výzkumu a zpracování biomedicínských dat.

Požadavky:

Podmínky udělení zápočtu: povinná účast na cvičení (max. 2 omluvené absence). Vytvoření a odprezentování biomedicínské aplikace splňující požadavky mikroservisní architektury, její kontejnerizace a nasazení v klastru. (aplikace a prezentace celkem 20 bodů)

Zkouška: Bez získání zápočtu jeho zápisu do KOSu není možné realizovat zkoušku. Během semestru studenti absolvují 2 praktické testy na cvičení (zisk až 40 bodů/test). Známka se udělí podle celkového zisku bodů ( 20 +2*(40) ) podle stupnice ECTS. 

Osnova přednášek:

Témata přednášek:

1.Datové medicínské informační zdroje - restapi

2.DevOps - git, continuous integration

3.Informační systémy ve zdrovotnictví - vývoj a specifika

4.Bioinformatické aplikace - zpracování DNA sekvencí v klinické praxi

5.Bioinformatické aplikace ve výzkumu

6.Vývoj aplikací pro docker

7.Knihovny pro počítačové učení, zpracování signálu a obrazu

Osnova cvičení:

Na cvičení studenti budou vyvíjet konkrétně aplikace se zaměřením na biomedicínu. Při vývoji budou používat knihovny pro práci se standardy a biomedicínskými daty. Studenti vytvoří formou zápočtové úlohy biomedicínskou aplikaci. Zaměření aplikace bude vybráno během prvních cvičení. Na konci semestru bude aplikace zkontrolována, okomentována a ohodnocena vyučujícím.

Cíle studia:

Studijní materiály:

Povinná literatura:

[1] STŘEDA, Leoš a Karel HÁNA. EHealth a telemedicína: učebnice pro vysoké školy. Praha: Grada Publishing, 2016. ISBN 978-80-247-5764-3.

[2] MÜNZ, Jan. Informační technologie ve zdravotnictví: informační systémy. V Praze: České vysoké učení technické, 2011. ISBN 9788001047200.

Doporučená literatura:

[3] Dokumentace HL7: www.hl7.org

[4] Dokumentace k DICOM: dicom.nema.org

Poznámka:

Další informace:

Pro tento předmět se rozvrh nepřipravuje

Předmět je součástí následujících studijních plánů:

• Navazující magisterská studijní specializace Softwarové technologie (povinný předmět)