Medical Image Processing

Korekvizita:

Předmět nesmí být zapsán současně s:

Zpracování medicínských obrazů (A6M33ZMO)
Zpracování medicínských obrazů (BAM33ZMO)

Garant předmětu:

Jan Kybic

Přednášející:

Jan Kybic

Cvičící:

Denis Baručić, Jan Kybic

Předmět zajišťuje:

katedra kybernetiky

Anotace:

Předmět popisuje algoritmy digitálního zpracování 2D a 3D obrazů, s důrazem na biomedicínské aplikace. Důkladněji proto budou probrány zejména nejpoužívanější techniky při zpracování medicínských obrazů: segmentace, registrace, a klasifikace. Metody budou ilustrovány řadou příkladů na lékařských datech. Studenti si vyzkouší implementaci některých algoritmů v rámci cvičení.

Vzhledem k velmi značnému překryvu předmětů A6M33ZMO a A4M33DZO budou tyto předměty v letošním roce vyučovány společně. Prosím sledujte www stránku předmětu. http://cw.felk.cvut.cz/doku.php/courses/a6m33zmo/start

Výsledek studentské ankety předmětu je zde: http://www.fel.cvut.cz/anketa/aktualni/courses/A6M33ZMO

Požadavky:

Základní znalost zpracování signálů včetně Fourierovy transformace, základní znalost principů lékařských zobrazovacích metod.

Osnova přednášek:

1. Segmentace - metody aktivních kontur, levelsety

2. Statistické modely pro segmentaci

3. Segmentace na základě superpixelů a grafových modelů

4. Segmentace pomocí textury

5. Segmentace pomocí hlubokého učení

6. Detekce buněk a buněčných jader

7. Detekce cév a vláken

8. Detekce plicních nodulů a mamografie

9. Lokalizace orgánů a struktur

10. Registrace založená na bodech a kritériích podobnosti

11. Elastická registrace

12. Registrace pomocí hlubokého učení.

Osnova cvičení:

Cvičení probíhají v počítačové laboratoři, kde si studenti prakticky vyzkouší některé probrané algoritmy. Některé vybrané metody sami naprogramují, v ostatních případech se naučí používat existující volně dostupné knihovny a toolboxy. Tímto způsobem získají studenti nejen základní přehled o existujících metodách, ale budou jim i hlouběji rozumět a řadu z nich se naučí prakticky používat.

Cíle studia:

Naučit se principům a použití základních algoritmů pro zpracování lékařských a biologických obrazů, zejména registrace, segmentace a klasifikace. Jednodušší algoritmy budou studenti sami implementovat.

Studijní materiály:

[1] Sonka M., Fitzpatrick J. M.: Handbook of Medical Imaging, vol.2. SPIE Press, 2000.

[2] Bankman, I.: Handbook of Medical Imaging, Processing and Analysis, vol.1. Academic Press, 2000.

[3] Hlaváč, V., Sedláček, M.: Zpracování signálů a obrazů, Skripta ČVUT Praha, Praha, 2001.

Poznámka:

Další informace:

https://cw.fel.cvut.cz/wiki/courses/zmo

Rozvrh na zimní semestr 2022/2023:

	06:00–08:0008:00–10:0010:00–12:0012:00–14:0014:00–16:0016:00–18:0018:00–20:0020:00–22:0022:00–24:00
Po
Út
St	místnost KN:E-127 Kybic J. 09:15–10:45 (přednášková par. 1) Karlovo nám. Kotkova cvičebna K4místnost KN:E-230 Baručić D. 11:00–12:30 (přednášková par. 1 paralelka 101) Karlovo nám. Laboratoř PC
Čt
Pá

Rozvrh na letní semestr 2022/2023:

Rozvrh není připraven

Předmět je součástí následujících studijních plánů:

• Medical Electronics and Bioinformatics - Specialization Image Processing (PS)
• Medical Electronics and Bioinformatics - Specialization Signal Processing (povinně volitelný předmět)
• Medical Electronics and Bioinformatics - Specialization Bioinformatics (povinně volitelný předmět)
• Medical Electronics and Bioinformatics - Specialization Medical Instrumentation (povinně volitelný předmět)