Matematické simulace v biomedicínských vědách

Přednášející:

Cvičící:

Předmět zajišťuje:

katedra přírodovědných oborů

Anotace:

Základní postupy použití počítačů v biologickém, biochemickém a lékařském výzkumu a praxi. Zaměření je cíleno především na genetiku a biochemické interakce bílkovin. Struktura a druhy informací získávaných molekularní biologií, biochemií. Jednoduchý a složitý alignment DNA, RNA a bílkovinných sekvencí. Skórovací funkce. Pokročilé statistické metody. Modelování interakce bílkovin s prostředím.

Požadavky:

Požadavky zápočtu: aktivní účast na přednáškách a cvičeních, prospět v zápočtové písemné práci. Požadavky ke zkoušce: zápočet, uspět při zkouškové písemné práci.

Osnova přednášek:

1.Úvod I.

2.Úvod II.

3.Alignment sekvencí

4.Matematický základ užitých pravděpodobnostních funkcí

5.Skórovací funkce a programy

6.Strukturní alignment

7.Databáze

8.Interpretace dat

9.Modelování bílkovin I. - matematický základ

10.Modelování bílkovin II. - praktická část

11.Modelování bílkovin III. - interakce s rozpouštědlem

12.Modelování bílkovin IV. - interakce se substrátem

13.Praktické cvičení - závěr

Osnova cvičení:

Cílem cvičení je seznámení se základními postupy použití počítačů v biologickém, biochemickém a lékařském výzkumu a praxi. Zaměření je cíleno především na genetiku a biochemické interakce bílkovin. Struktura a druhy informací získávaných molekularní biologií, biochemií. Jednoduchý a složitý alignment DNA, RNA a bílkovinných sekvencí. Skórovací funkce. Pokročilé statistické metody. Modelování interakce bílkovin s prostředím.

Cíle studia:

Cílem cvičení je seznámení se základními postupy použití počítačů v biologickém, biochemickém a lékařském výzkumu a praxi. Zaměření je cíleno především na genetiku a biochemické interakce bílkovin. Struktura a druhy informací získávaných molekularní biologií, biochemií. Jednoduchý a složitý alignment DNA, RNA a bílkovinných sekvencí. Skórovací funkce. Pokročilé statistické metody. Modelování interakce bílkovin s prostředím.

Studijní materiály:

1.Gribskov, M., Devereux, J. (1991). Sequence Analysis Primer. New York: Stockton Press.

2.Avi Silberschatz , Henry F. Korth, S. Sudarshan (2005) Database System Concepts, Fifth Edition: McGraw-Hill

3.J. Andrew McCammon, Stephen C. Harvey (2004) Dynamics of Proteins and Nucleic Acids: Cambridge University Press

Poznámka:

Další informace:

Pro tento předmět se rozvrh nepřipravuje

Předmět je součástí následujících studijních plánů: